腸道干細胞的成熟和發育與出生后腸道菌群暴露相一致。

研究人員通過對生命早期微生物暴露以及這一過程的中斷如何影響腸道干細胞生態位和發育的研究，采用單細胞轉錄分析的方法，結果顯示，在生命早期抗生素治療后，干細胞向Paneth細胞和巨噬細胞的分化受損。

發現產后腸道微生物通過調控巨噬細胞特化和間質細胞生態位（niche）促進干細胞分化，當腸道菌群失調時，這一發育會受損，新生兒可能患上壞死性小腸結腸炎（necrotizing enterocolitis, NEC），而乳酸菌處理能使其部分恢復。文章確定了一條腸道微生物群驅動潘氏細胞分化以限制NEC的途徑。

小鼠遺傳和類器官共培養實驗表明，腸道巨噬細胞CD206+亞群分泌Wnt配體，維持了對Paneth細胞分化重要的間充質小生境細胞。抗生素和Paneth細胞數量減少與致命的嬰兒疾病，壞死性小腸結腸炎(NEC)有關。研究人員發現，乳酸菌定殖或CD206+巨噬細胞的轉移促進了Paneth細胞的分化，降低了NEC的嚴重程度。

總之，該項工作定義了在出生后早期發育期間腸道微生物群介導的干細胞生態位的調節。

總結：

腸道菌群調節腸道干細胞分化和巨噬細胞極化

CD206+腸巨噬細胞促進間充質小生境細胞增殖

抗生素治療損害腸道干細胞生態位，促進NEC發病

乳酸菌或巨噬細胞治療部分挽救nec樣表型